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9月6日，長春亞泰俱樂部官方消息，9月3日，吳亞軻在重慶完成右膝前交叉韌帶修復與半月板修復手術。據了解，此次手術歷時4個小時，非常順利。不過，吳亞軻術后還需在重慶繼續醫治10天左右，而康復期需要3-4個月?！案兄x球迷的關心，我的手術非常成功，希望早日回到大家身邊。”吳亞軻說。

8月16日，長春亞泰主場1比0擊敗保級直接對手梅州客家。吳亞軻首發出戰，不僅多次撲出對手的射門，而且還撲出了對手的點球。第77分鐘，吳亞軻神勇撲出對手的射門后，不慎右腿受傷，被擔架抬出場外。后經醫生診斷，吳亞軻右膝前交叉韌帶修復與半月板受傷，可保守恢復，也可手術治療。12天后，吳亞軻在隊醫的陪同下前往重慶進行手術治療。

截至本賽季中超第21輪，吳亞軻共代表長春亞泰出場163次，其中，首發160次，進入長春亞泰百場里程碑球員榜。

9月12日，長春亞泰將前往成都挑戰領頭羊成都蓉城。目前，聯賽還剩7輪結束，保級形勢進入關鍵時段，亞泰陣中除吳亞軻外，阿不都海米提、卡米洛等球員也進入了傷病名單。在此，俱樂部希望他們早日康復，投入到關鍵的保級決戰中。